Традиционно православная церковь играла значительную роль в становлении и укреплении российского государства. Благодаря ей был преодолен структурный кризис государственности в годы Смуты, и утвердилась новая династия Романовых. Патриарх Филарет сосредоточил в своих руках как духовную, так и светскую власть и стал инициатором важнейших преобразований в стране. По его приказу был проведен учет земельных ресурсов, упорядочены налоговые платежи, сокращены податные льготы монастырей, укреплено судопроизводство. Главным результатом деятельности Филарета стало укрепление авторитета и власти царя.В середине XVII в. коренные изменения, происходящие в русском обществе и государстве, потребовали укрепления централизации церкви, а также усиления ее роли в объединении Украины с Россией. Эти обстоятельства настоятельно требовали проведения церковной реформы. Идея церковной реформы зародилась еще в 40-х годах XVII в. в Кружке ревнителей древнего благочестия, который сложился вокруг духовника царя Алексея Михайловича, протопопа Благовещенского собора Стефана Вонифатьева. В него входили видные церковные деятели — архимандрит московского Новоспасского монастыря, будущий патриарх Никон, протопоп Аввакум из Юрьева-Поволжского, протопоп Казанского собора в Москве Иоанн. Деятельность кружка охватывала следующие проблемы:
борьба с пьянством, развратом и взяточничеством духовенства;
протест против проникновения светских начал в церковную жизнь;
исправление церковных книг по единому образцу;
унификация церковных обрядов.
Программу реформ поддержал Алексей Михайлович. Камнем преткновения стал вопрос исправления богослужебных книг, в которых в ходе переписывания накопилось много искажений и описок в сравнении с оригиналами. В кружке произошел раскол на две противоборствующие группы, во главе которых встали Никон и Аввакум. Сторонники протопопа Аввакума настаивали на том, что образцами должны стать древнерусские книги, так как они не подвергались исправлениям как греческие после падения Византии. Никон и его приверженцы, среди которых был сам царь, считали, что следует обратиться к греческим оригиналам священных текстов, с которых и писались древнерусские книги.После смерти патриарха Иосифа на этот пост по предложению Алексея Михайловича был избран Никон. Ему и было поручено провести церковную реформу. Реформа прошла в 1653—1655 гг. и затрагивала в основном церковные обряды и книги, которые были исправлены по греческим образцам. Вместо крещения двумя пальцами вводилось троеперстие; вокруг аналоя двигаться следовало теперь не по солнцу, а против него; слово «аллилуйя» во время молитвы должно было произноситься не два раза, а три; земные поклоны заменялись поясными; изменения вносились и в облачение русского духовенства (архиерейский посох, клобуки и мантии). Реформа была одобрена московским церковным собором 1654 г. на котором присутствовали и восточные патриархи.Однако реформа вызвала сильное сопротивление приверженцев старины, которые получили название старообрядцев. Идеологом и главой старообрядцев стал протопоп Аввакум (1620—1682). За отказ признать реформу Никона он был сослан в 1653 г. в Сибирь, но и там продолжал борьбу с официальной церковью.Вскоре после церковной реформы обострились отношения между царем Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном. Никон — сын простого крестьянина-мордвина, сделал головокружительную карьеру, от простого священника до патриарха и личного друга царя. Как человек властолюбивый и честолюбивый вскоре Никон стал называть себя «великим государем» и демонстративно подчеркивать превосходство церковной власти над светской. Он даже предложил Алексею Михайловичу стать его соправителем, как патриарх Филарет при Михаиле Федоровиче.Царь, будучи человеком глубоко религиозным, проявлял христианское терпение к патриарху. Но отношения между ними заметно охладели. Царь перестал ходить на патриаршие богослужения и приглашать Никона на государственные приемы. В ответ на это Никон публично отрекся от патриаршества и удалился в Новоиерусалимский Воскресенский монастырь, ожидая, что царь униженно будет просить его о возвращении. Однако Алексей Михайлович, который носил прозвище Тишайший, в это раз проявил твердость характера и стал готовить церковный суд над Никоном. Для этого был созван Церковный собор 1666—1667 гг. с участием патриархов из других стран. Собор осудил действия Никона, лишил его сана и навечно заточил в монастырь.Церковный собор 1666—1667 гг. также подтвердил необходимость продолжения реформ и наложил церковное проклятие на всех старообрядцев. Более того, они предавались суду гражданских властей и на них распространялись уголовные наказания, установленные Соборным Уложением 1649 г. (смертная казнь через сожжение на костре). По решению собора протопоп Аввакум был заточен в «земляную тюрьму» Пустозерска, где провел 15 лет. Церковный собор 1681—1682 гг. приговорил протопопа к смертной казни. Аввакум был заживо сожжен в срубе вместе со своими ближайшими соратниками.Церковная реформа патриарха Никона и церковный собор 1666—1667 гг. положили начало расколу. Русской православной церкви на никониан (сторонников реформы) и старообрядцев (раскольников). Старообрядство — сложное явление в духовной жизни русского общества. Среди раскольников встречаются практически все слои общества — бояре, дворяне, стрельцы, крестьяне, посад. Основной причиной раскола была глубокая религиозность русского народа, который с трудом воспринимал нововведения в вопросах веры. Кроме того, реформы проводились в кратчайшие сроки и навязывались силой. Все это не могло не вызвать сопротивления со стороны значительной части общества. Несмотря на жесточайшие преследования, движение старообрядцев принимало все больший размах. Раскольники бежали на окраинные земли России, в Заволжье, Сибирь, на Дон, в районы крайнего Севера и Прикамья. Уже в XVIII в. царское правительство вынуждено было официально признать их существование, разрешив в ряде крупных городов открывать старообрядческие церкви и монастыри.
